PHPMyAdminのバージョンによっては、エクスポート完了という通知があっても途中でエクスポートが止まっている場合がある。
そのため、下記を .htaccess に追加すると安心する。

php_value upload_max_filesize 128M
php_value post_max_size 128M
php_value memory_limit 128M
php_value max_execution_time 300

ちなみに某N社謹製のサーバー。